Classification phylogénétique du vivant

« Entre Darwin et Hennig, on a conservé comme valides dans les classifications à la fois les groupes monophylétiques et paraphylétiques. (...) En fait, fonder un taxon sur son devenir, comme le font l'échelle des êtres et les groupes paraphylétiques (de Linné), est une grave faute logique en sciences de l'évolution, parce qu'aucun devenir n'a de sens : les organismes vivants ne sont porteurs que de leur passé. (...) Cette esquisse historique explique pourquoi la classification telle qu'elle est produite par les scientifiques est totalement laïcisée, tandis que celle qui est utilisée par le public subit encore le poids d'une histoire anté-évolutionniste. »

« Les groupes ne prennent pas leur sens par rapport à une utilité quelconque, mais par rapport au déroulement de l'évolution biologique, cause de la hiérarchie observée dans la distribution de ces attributs. »

"... la généalogie est un arbre dont les branches sont des liens génétiques d'ancêtres à descendants reliant des individus identifiés ; dans la phylogénie, les branches portent des arguments, qui sont des transformations anatomiques ou bien moléculaires produites par des ancêtres hypothétiques. »

Il convient encore pour beaucoup de primatologues ou paléanthropologues très en vue, de réserver une boîte à part pour notre espèce, boîte qui n'a pour effet que de masquer sa parenté avec son espèce sœur. Ainsi, le groupe des pongidés au sens classique est un grade qui comprend orang-outan, gorilles, chimpanzés. L'homme est ailleurs, dans une famille à part, en dépit de sa parenté avec les chimpanzés. Une classification objective des primates impliquerait de mettre homme (Homo sapiens) et chimpanzés (Pan troglodytes et P. paniscus) dans une boîte, la famille des hominidés, voire dans la sous-famille des homininés en étendant les hominidés au gorille. M. Goodman ou E. Watson, sur des critères de grande proximité génétique, proposent même de mettre l'homme et les chimpanzés dans le même genre Homo. Ainsi, le nom scientifique du chimpanzé deviendrait Homo troglodytes. Cette proposition n'est sans doute pas prête d'être retenue ! L'un de nos collègues remarquait pour plaisanter qu'il serait plus amusant de faire de l'homme un Pan sapiens.

« …des mots issus des classifications, tels invertébrés, poissons, traversent les âges tandis que ce que les hommes pensent des causes qui sont à l'origine de la diversité du vivant change selon les époques. »

« Un clade, ou groupe monophylétique, regroupe l'ancêtre commun et tous les descendants qui possèdent l'attribut commun. »

La sexualité des microsporidies n'est pas connue, mais elle est présumée.

L'espèce n'est qu'une collection monophylétique d'individus, définie au mieux par une synapomorphie, au pire par la moyenne et la variance de paramètres mesurés.