Si l’utilisation de variétés résistantes aux bioagresseurs constitue une solution efficace pour réduire l’usage de pesticides sans réduire la rentabilité de la culture, l’utilisation massive d’une même variété résistante dans un territoire engendre l'apparition de contournements de résistance, entraînant donc parfois une augmentation de l'utilisation de pesticides.
la technologie CRISPR/Cas9 permet d'éviter la perte locale de diversité liée au « linkage drag » qui peut avoir des impacts potentiellement négatifs sur les performances agronomiques. En outre, en ciblant les homologues des gènes dits de domestication, il est désormais possible d’introduire rapidement des espèces orphelines (semi-domestiquées et sauvages par exemple) au cœur des systèmes de culture (Wolter et al., 2019), contribuant à la diversification des systèmes de culture. La diversité génétique présente dans les espèces sauvages ou les variétés non cultivées peut alors être utilisée comme source d'allèles, et ainsi d'élargir le pool de diversité génétique disponible pour l’espèce d’intérêt.
Parvenir à des systèmes de culture zéro pesticide implique non seulement de changer les pratiques de culture, mais aussi de repenser les systèmes socio-économiques qui ont accompagné le développement de l’essor des pesticides de synthèse.