Les égyptologues ont ainsi soulevé de troublantes interrogations : est il possible qu'une population ayant vécu 430 ans dans le pays d’Égypte, dont 210 d'esclavage sous plusieurs pharaons ait pu fuir cette contrée en déjouant toute l'armée égyptienne ? Est il possible de s'installer en terre de Canaan sans aucune réaction de l'autorité pharaonique, sachant que tout au long de son histoire, l’Égypte administrait cette province... Comment ce peuple imprégné dans la plus grande partie de ses traditions par la sagesse de l’Égypte, a-t-il pu disparaitre aussi mystérieusement ? Pourquoi 200 ans de recherches dans les sables, dans les tombes et les temples n'ont elles tien prouvé ?
Sigmund Freud, hanté et fasciné par Moïse l'Egyptien, proposait l'hypothèse suivante à la suite des fouilles de Tell el Amarna, site de l'ancienne capitale d'Akhénaton: Nous aimerions risquer cette conclusion: si Moïse fut un Egyptien, s'il transmit sa propre religion aux juifs , ce fut celle d'Akhénaton, la religion d'Aton . Il ajoutait ; si j'étais millionnaire, je financerais la poursuite des fouilles ....