Peu à peu, les missionnaires relevèrent d'une manière ou 'une autre des puissances coloniales; ils durent composer avec, voire rechercher la protection coloniale et purent de moins en moins se dégager complétement de leur allégeance patriotique.
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Lorsqu'en juin 1899, l'aventure de Fachoda se termine, il faut bien en faire le bilan, liquider les contentieux et en tirer les leçons. Paradoxalement, cette crise qui parut, à l'époque, suffisamment grave pour entraîner la France et l'Angleterre à se faire la guerre, servit plutôt à la réconciliation de deux nations dont les passions chauvines avaient atteint leur paroxysme d'exaspération peu de temps auparavant. Cette réconciliation, dénommée Entente cordiale devait durer, renforcée par les épreuves des deux guerres mondiales. En Angleterre, cependant, elle ne viendra pas à bout d'une méfiance, un peu méprisante des Anglais, envers leurs voisins du continent, vaniteux donneurs de leçons. En France, elle ne viendra pas à bout de l'anglophobie "ordinaire" et des soupçons d'égoïsme et d'hypocrisie à l'égard des Anglais ; elle n'empêchera pas des flambées d'anglophobie d'éclater à certaines occasions d'une manière virulente. Depuis la Seconde Guerre mondiale, l'anglophobie agressive s'est évidemment évanouie en Europe, même si des désaccords persistent, mais l'anglophobie politique, transformée en hostilité envers tout ce qui est "anglo-saxon", à continué à trouver en Afrique un terrain de prédilection où se manifeste encore ce qui est qualifié de "syndrome de Fachoda".