Hugues Moutouh a fait ses études à Bordeaux, à l'institut d'études politiques ainsi qu'à la faculté de droit. Sa thèse a porté sur le "Droit des groupes en droit public français", avec une problématique tournant autour du pluralisme juridique. Après avoir été maître de conférences à Bordeaux, il passe l'agrégation de droit public (1998) et est nommé professeur des universités à Caen, puis à Paris 5 où il enseigne aujourd'hui.
En parallèle de ses activités universitaires, Hugues Moutouh a occupé diverses fonctions depuis 2002: rapporteur au Conseil d'Etat (Section de l'Intérieur et Section du contentieux) conseiller de François d'Aubert à la Recherche conseiller juridique de Jean-Louis Borloo aux Affaires sociales et conseiller de Nicolas Sarkozy au ministère de l'Intérieur (2004-2007). Depuis, il a été nommé directeur du cabinet de Bernard Laporte au secrétariat d'Etat aux Sports.
Mars 2004 - Février 2005 : Conseiller pour les affaires juridiques, les sciences humaines et sociales du Ministre délégué à la Recherche.
En décembre 2009 : Préfet de la Creuse.