De retour en France en 1542, il fait paraître chez l’éditeur lyonnais François Juste une édition définitive de Gargantua et Pantagruel, réunis dans un même ouvrage, mais en inversant l’ordre de publication. Pour éviter les foudres de la Sorbonne, il a pris soin d’atténuer, voire de supprimer, les attaques les plus virulentes. Au même moment, son ami Dolet prend l’initiative d’éditer des versions non expurgées de ces deux romans, provoquant sa colère. Quelques mois plus tard, les deux ouvrages figurent sur la première liste de livres interdits par la Sorbonne. Notons que cette liste d’ouvrages proscrits inspirera plus tard à la papauté la création du fameux Index, regroupant tous les ouvrages interdits par l’Église catholique et à l’origine de l’expression « mettre à l’index ».