Titulaire d’une maîtrise en sciences économiques en 1970, Jean-Pierre Helfer est diplômé de l’Institut d’études politiques de Strasbourg et obtient un DEA (diplôme d'études approfondies) en sciences économiques l’année suivante. Il est docteur ès sciences économiques (1974).
Il devient professeur agrégé des universités en sciences de gestion en 1979.
Après avoir été Maître de conférences à Paris-I, Jean-Pierre Helfer a exercé en tant que professeur à l’université de Poitiers, à l’université Paris-Est Créteil et à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne, successivement entre 1981 et 2004.
Jean-Pierre Helfer a été nommé à la tête de l'IAE (Institut d'Administration des Entreprises) de Paris en mai 2013. Une fonction qu'il a déjà occupée entre 1990 et 2001.
Spécialiste du marketing et de la stratégie d'entreprise, il est auteur d'ouvrages et d'articles dans ces deux domaines. Il est également consultant pour des grandes entreprises et des organismes nationaux et internationaux.